Sistem dan pelaksanaan tata pamong Fakultas Agama Islam (FAI) Universitas Pesantren Darul ‘Ulum (Unipdu) Jombang yang meliputi struktur organisasi, mekanisme koordinasi antara Rektorat dengan FAI Unipdu, mekanisme pengambilan keputusan, kebijakan, dan pengawasan telah dipahami oleh hampir seluruh staf di lingkungan fakultas dan program studi. Secara periodik, upaya pemahaman tentang sistem dan pelaksanaan tata pamong fakultas program studi terus dilakukan secara berkelanjutan pada setiap tahun akademik yang meliputi struktur organisasi, mekanisme koordinasi antara Rektorat dengan FAI Unipdu, mekanisme pengambilan keputusan, kebijakan, dan pengawasan telah dipahami oleh hampir seluruh staf di lingkungan fakultas dan program studi. Secara periodik, upaya pemahaman tentang sistem dan pelaksanaan tata pamong fakultas dan program studi terus dilakukan secara komprehensif pada semua aspek akademik maupun non-akademik. Secara umum, sistem dan pelaksanaan tata pamong FAI Unipdu telah menciptakan suasana akademis yang kondusif. Kendati demikian, kegiatan ilmiah seperti seminar, workshop, lokakarya dan penerbitan jurnal ilmiah masih perlu ditingkatkan kualitas dan kuantitasnya. Kegiatan proses perkuliahan masih mendominasi kegiatan dosen-mahasiswa.
Sistem dan pelaksanaan tata pamong FAI Unipdu cukup mendukung pencapaian visi, misi dan tujuan yang telah ditetapkan karena dirancang berdasarkan rekomendasi komisi visi dan misi yang menghendaki adanya rekonstruksi kelembagaan. Struktur organisasi FAI Unipdu disusun secara efisien, efektif, dan realistis, dengan mekanisme atau sistem yang ditetapkan secara jelas, kredibel, transparan, bertanggung jawab dan adil. Proses penyusunan struktur organisasi beserta penempatan personil-personilnya sampai dengan pengambilan keputusan dan penentuan kebijakan senantiasa dilaksanakan melalui forum musyawarah, seperti senat/forum dosen, rapat dosen, rapat pimpinan, dan rapat koordinasi Rektorat dengan FAI Unipdu. Dalam pelaksanaannya, pimpinan berkewajiban menerapkan prinsip-prinsip koordinasi, integrasi, sinkronisasi, dan harmonisasi. Sistem didukung oleh peraturan dan prosedur yang jelas tentang pengembangan kemampuan, keterampilan, sikap, dan kepeduliannya terhadap pelaksanaan tugas. Tata pamong dilaksanakan berdasarkan Surat Keputusan Yayasan Pesantren Tinggi Darul ‘Ulum (Yapetidu) dengan deskripsi bahwa dekan bertanggung jawab atas semua tugas pengelolaan di FAI Unipdu, serta bertanggung jawab kepada Rektor dan ketua Yapetidu.